尿路感染95%以上是由单一细菌引起的。其中90%的门诊病人和50%左右的住院病人，其病原菌是大肠埃希杆菌，此菌血清分型可达种，致尿感型大肠埃希杆菌与病人粪便中分离出来的大肠埃希杆菌属同一种菌型，多见于无症状菌尿或无并发症的尿感;变形杆菌、产气杆菌、克雷白肺炎杆菌、铜绿假单胞菌、粪链球菌等见于再感染、留置导尿管、有并发症之尿路感染者;白色念珠菌、新型隐球菌感染多见于糖尿病及使用糖皮质激素和免疫抑制药的病人及肾移植后;金黄色葡萄球菌多见于皮肤创伤及吸毒者引起的菌血症和败血症;病毒、支原体感染虽属少见，近年来有逐渐增多趋向。多种细菌感染见于留置导尿管、神经源性膀胱、结石、先天性畸形和阴道，肠道、尿道瘘等。
女性尿路感染原因
(1)该病女性发病率极高，女性的尿道较男性短且宽弛，细菌易于进入。女性的尿道口与阴道和肛门邻近，无论是阴道还是肛门周围，都有大量细菌，故易患尿路感染;其次生理周期易于发生尿路感染，性生活易于尿道的细菌推进膀胱而发病。
(2)饮水少，工作劳累，憋尿，体质差经常感冒等易诱发泌尿系感染。
(3)尿路结石，肿瘤，尿路狭窄等原因，易出现尿流不畅，细菌不易由膀胱排出而大量繁殖，或尿路器械的使用不但会将细菌带入尿路也容易损伤尿路粘膜而发生感染。
(4)糖尿病，留置尿管，尿路畸形的患者，易发生感染。反复发生尿路感染的女性患者，其伴侣也应该检查是否有前列腺炎，尿路感染等疾病，提倡夫妻同治。
男性尿路感染原因
1、高温皮肤潮湿。夏季炎热高温，只要稍微活动，立即汗流浃背。为了应对水分从汗腺大量流失，肾脏必须浓缩尿液，以保存水分，于是尿液变浓、尿量变少。另外，高温潮湿的皮肤，也让皮肤易产生细菌，容易引发泌尿道疾病，是尿路感染引起的季节性原因。
2、治疗药物选择不当。淋球菌对之耐药;再感染，性伴未经治疗;患者未按医嘱用药，饮酒以及辛辣食物可影响疗效;只给予抗一种病原体的药物，忽视了混合感染，例如，合并沙眼衣原体或者是支原体感染而未得到治疗，这些都是引起尿路感染久治不愈常见问题。
3、滴虫引起的尿路感染。某些细菌感染导致非特异性尿道炎;可以由于局部抵抗力下降而导致前列腺炎;尿道粘膜炎症性损害如水肿、增生尚未恢复，或者局部神经受牵拉，可以出现尿路感染症状。
4、饮水过少。充分的饮水，维持每日㏄以上的水分;至少每3到4小时，须排空膀胱一次;避免刺激性食物，及饮酒或咖啡;多摄取含维生素c的水果，橘子、柠檬、梅子汁保持尿液酸性化;同时建议洗澡用淋浴的方式。
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