急性细菌性咽炎及扁桃体炎的病原菌主要为A组溶血性链球菌，少数为C组或G组溶血性链球菌。
急性细菌性中耳炎的病原菌以肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和卡他莫拉菌最为常见，三者约占病原菌的近80%；少数为A组溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等。
急性细菌性鼻窦炎病原菌以肺炎链球菌和流感嗜血杆菌最为常见，两者约占病原菌的50%以上；卡他莫拉菌在成人和儿童中各约占病原菌的10%和20%；尚有少数为厌氧菌、金黄色葡萄球菌、A组溶血性链球菌及革兰阴性杆菌。
急性气管-支气管炎：本病以病毒感染多见，多数病例为自限性，少数病例可由肺炎支原体、百日咳博德特菌或肺炎衣原体引起。
慢性阻塞性肺疾病（COPD）急性加重：最常见病原为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和卡他莫拉菌，肺炎支原体相对少见。具备下列2条或2条以上标准，需考虑铜绿假单胞菌感染可能：最近住院史；经常（每年4次）或最近3个月使用抗菌药物；病情严重（FEV1＜30%预计值）；既往急性加重时曾分离出铜绿假单胞菌；有结构性肺病（如支气管扩张）；使用糖皮质激素者。
支气管扩张合并急性细菌感染时，最常见病原菌为铜绿假单胞菌和流感嗜血杆菌，其次为肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌，少见星形诺卡菌、曲霉、木糖氧化产碱杆菌及分枝杆菌等。
社区活动性肺炎：
医院活动性肺炎：1.早发（入院＞2天～＜5天发生）性医院获得性肺炎可能的病原体主要为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌以及大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、肠杆菌属、变形杆菌属、粘质沙雷菌等肠杆菌科细菌。2.医院获得性肺炎医院获得性肺炎病原菌外，更多为多重耐药的肺炎克雷伯菌等肠杆菌科细菌，铜绿假单胞菌、不动杆菌属等非发酵糖细菌，耐甲氧西林金葡菌（MRSA），嗜肺军团菌。
肺脓肿常见病原菌为肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肠杆菌科细菌及厌氧菌（主要为口腔厌氧菌）等。
脓胸大多由多种细菌所引起。常见的病原菌在婴幼儿（＜5岁）多为金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌；在＞5岁、继发于急性肺炎后者，多为肺炎链球菌、A组溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌；在亚急性和慢性患者，多为厌氧链球菌、拟杆菌属、肠杆菌科细菌。
尿路感染：急性单纯性上、下尿路感染病原菌80%以上为大肠埃希菌；而复杂性尿路感染的病原菌除仍以大肠埃希菌多见（30%～50%），也可为肠球菌属、变形杆菌属、克雷伯菌属、铜绿假单胞菌等；医院获得性尿路感染的病原菌尚有葡萄球菌属、念珠菌属等。
急性前列腺炎患者的致病原大多为大肠埃希菌或其它肠杆菌科细菌，少数可为淋病奈瑟菌或沙眼衣原体；慢性前列腺炎患者的病原菌除大肠埃希菌或其它肠杆菌科细菌外，亦可为肠球菌属、葡萄球菌属等。
化脓性脑膜炎：年龄＜1个月，B组溶血性链球菌、大肠埃希菌、李斯特菌、肺炎克雷伯菌；1月～50岁，肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌（少见）；＞50岁或酗酒或有严重基础疾病或细胞免疫缺陷者，肺炎链球菌、李斯特菌、需氧革兰阴性杆菌；颅底骨折，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、A组溶血性链球菌；神经外科手术后、脑外伤或耳蜗植入术后，肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、需氧革兰阴性杆菌（包括铜绿假单胞菌）；脑脊液分流，凝固酶阴性葡萄球菌（特别是表皮葡萄球菌），金黄色葡萄球菌，需氧革兰阴性杆菌（包括铜绿假单胞菌）；
脑脓肿：继发于鼻窦炎、中耳炎、乳突炎等邻近组织感染，链球菌属、拟杆菌属、肠杆菌科细菌、金黄色葡萄球菌；创伤或颅脑手术后金黄色葡萄球菌、肠杆菌科细菌。
血流感染
16.感染性心内膜炎
17.腹腔感染：本组疾病包括急性细菌性腹膜炎、腹腔脏器感染以及腹腔脓肿。通常为肠杆菌科细菌、肠球菌属和拟杆菌属等厌氧菌的混合感染。
18.骨、关节感染包括骨髓炎和关节炎。急性骨髓炎最常见的病原菌为金黄色葡萄球菌，如1岁以上小儿亦可由A组溶血性链球菌引起，老年患者可由革兰阴性杆菌引起。需要注意的是慢性骨髓炎患者窦道流出液中分离出的微生物不一定能准确反映感染的病原体。
19.皮肤软组织感染：毛囊炎、疖、痈通常为金黄色葡萄球菌感染。脓疱病几乎都由溶血性链球菌和/或金黄色葡萄球菌所致。手术切口感染以金黄色葡萄球菌为主，腹腔、盆腔手术后切口感染大肠埃希菌等革兰阴性杆菌亦常见。创伤创面感染的最常见病原菌为金黄色葡萄球菌；烧伤创面感染的病原菌较为复杂，金黄色葡萄球菌是常见病原菌之一，早期更多见，此外还有大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等，医院感染多见。淋巴管炎及急性蜂窝织炎主要由A组溶血性链球菌引起。褥疮感染常为需氧菌与厌氧菌的混合感染。
20.颌面部感染大多是需氧菌和厌氧菌的混合感染。主要的病原菌有葡萄球菌属、链球菌属、肠杆菌科细菌，或消化链球菌、普雷沃菌、梭杆菌等厌氧菌；偶有铜绿假单胞菌等。颜面部疖、痈的病原菌主要是金黄色葡萄球菌。应注意鉴别颌面部分枝杆菌、放线菌、螺旋体等特异性感染。
21.眼部感染，细菌性结膜炎：常见病原菌为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、Kochweeks杆菌、淋病奈瑟菌及Morax-Axenfeld双杆菌等。细菌性角膜炎；常见的病原菌为铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、肠杆菌科细菌等。细菌性眼内炎主要病原菌包括：革兰阳性球菌，如凝固酶阴性葡萄球菌或肺炎链球菌；革兰阴性杆菌主要为铜绿假单胞菌及肠杆菌科细菌等。
22.阴道感染：阴道感染分为细菌性阴道病、外阴阴道念珠菌（假丝酵母菌）病和滴虫阴道炎。细菌性阴道病的最常见病原体为阴道加德纳菌、各种厌氧菌和动弯杆菌属。外阴阴道念珠菌病的病原体主要为白色念珠菌。滴虫阴道炎的病原体为毛滴虫，可同时合并细菌或念珠菌感染。
23.宫颈炎：粘脓性宫颈炎最常见的病原是淋病奈瑟菌和沙眼衣原体，均为性传播疾病；也可由葡萄球菌属、链球菌属和肠球菌属引起。
24.盆腔炎：盆腔内感染常见的病原体有淋病奈瑟菌、肠杆菌科细菌、链球菌属和脆弱拟杆菌、消化链球菌、产气荚膜杆菌等厌氧菌，以及沙眼衣原体、解脲脲原体和病毒等。
参考文献：抗菌药物临床应用指导原则（）
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